了解计算资源和编程技巧对于生物信息学（生信）人员至关重要。本文将介绍如何在linux系统中管理磁盘空间、安装和使用软件，尤其是针对生信领域的工具和方法。
查看磁盘空间
在linux系统中，查看磁盘空间使用情况可以通过以下命令：
df -hl
此命令会以人类可读的格式显示磁盘使用情况。
软件类型
Linux软件大致分为两类：
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二进制软件：这类软件已经预编译，可以直接解压使用（如zip、gz、bzip2等压缩格式），非常适合新手。
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源码软件：这类软件提供源代码，需要通过编译器编译后才能使用。一般包括三个步骤：配置、编译、安装。
源码软件安装步骤
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配置：通常使用以下命令：
./configure --prefix=安装路径
安装路径指定软件编译后的可执行文件存放目录，默认路径需要root权限。
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编译：使用make命令，但有时会遇到库文件缺失的问题，如bwa的zlib。
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安装：使用make install命令，将软件安装到指定目录。
软件安装方法
1. 二进制文件安装
除了使用conda外，还可以直接安装二进制文件。
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创建并进入文件夹：
mkdir bowtie2 && cd bowtie2
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版本选择：安装时需选择合适的软件版本。
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下载：使用wget命令下载软件：
mkdir xxx && cd xxx wget 下载地址
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通过FTP上传文件：如果wget下载速度慢，可以先下载到本地，再通过FTP上传到服务器：
sftp root@your_sever_id put local-file [remote-file]
更多FTP使用方法可参考：FTP使用指南。
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通过FileZilla连接远程服务器：FileZilla是一个跨平台的FTP客户端，支持SFTP连接。下载地址：FileZilla官网。
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解压与使用：解压下载的文件，例如bowtie2：
unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip
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添加到PATH：为方便使用，可以将软件路径添加到环境变量中：
PATH=$PATH:/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/
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查看示例文件：通常软件会提供示例文件以供练习。
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使用bowtie2：构建索引并进行序列比对：
bowtie2-build reference/lambda_virus.fa temp bowtie2 -x temp -1 reads/reads_1.fq -2 reads/reads_2.fq -S temp.sam
2. 源代码安装
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下载并解压：下载源代码并解压。
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编译三部曲：构建、编译、安装。
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后续操作：与二进制文件类似，将文件路径添加到PATH后即可使用。
3. Java编译软件
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下载并解压：下载Java软件并解压。
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使用：解压后即可使用。
其他安装方法
apt-get
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安装软件：使用apt-get命令，例如安装w3m：
sudo apt-get install w3m
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常用工具：
工具 说明 install 安装软件包 update 更新本地软件源 upgrade 升级本地软件包 dist-upgrade 解决依赖关系并升级 remove 移除软件包（不含配置文件） autoremove 移除不再使用的软件包 purge 完全移除软件包（含配置文件） clean 移除已安装软件包的本地缓存 autoclean 移除已安装软件包的旧版本 -
常用参数：
参数 说明 -y 自动回应是否安装 -s 模拟安装 -q 静默安装 -f 修复损坏的依赖关系 -d 只下载不安装 –reinstall 重新安装 –install-suggests 同时安装建议的软件包 -
安装与升级与卸载：
sudo apt-get --reinstall install w3m sudo apt-get update sudo apt-get upgrade sudo apt-get dist-upgrade sudo apt-get remove w3m sudo apt-get purge w3m sudo apt-get autoremove sudo apt-cache search softname1 softname2 softname3……
dpkg
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dpkg介绍：dpkg是Debian Package的简写，用于安装本地deb软件包，是APT的前端工具。
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安装相关内容：使用-d选项下载但不安装软件包：
sudo apt-get update sudo apt-get -d install -y emacs sudo dpkg -i emacs24_24.5+1-6ubuntu1.1_amd64.deb sudo apt-get -f install -y
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查询安装位置：
sudo dpkg -L emacs24
总结
随着conda和mamba等工具的出现，软件安装变得更加便捷。但了解上述方法对于生信人员仍然非常重要，因为它们提供了更灵活的软件管理方式。
